Sekolah Saint Thomas ditubuhkan oleh Rev. Father Guittat pada bulan April 1950 di perkarangan Gereja Saint Thomas dengan dibantu oleh Rev. Father Reutens dan berikutnya Rev. Father Yap. Sekolah ini bermula dengan 40 orang pelajar dan menjelang 1951, bilangan pelajarnya meningkat kepada 80 orang. Sekolah Rendah ini adalah sebuah sekolah persendirian dan kemudiannya dijadikan Sekolah Bantuan pada tahun 1953. Mulai Januari 1954, bilangan pelajarnya sudah meningkat ke 180 orang. Sekolah ini kemudiannya diletakkan di bawah naungan Marist Brothers dan seterusnya St. Gabriel.

Pada tahun 1956, pelajaran Sekolah Menengah dimulakan dan pelajar sekolah ini ditempatkan di sebuah pondok atap yang serba kekurangan. Namun demikian, pengasingan pentadbiran antara Sekolah Rendah dan Menengah hanya dibuat pada Januari 1958, di mana Bro. William menjadi Guru Besar Sekolah Menengah dan Bro. Aloysius, Guru Besar Sekolah Rendah.

Sekolah Saint Thomas mencipta sejarah pada tahun 1960, apabila buat pertama kalinya di bawah pentadbiran Bro. Eugene, mencapai kelulusan 100% dalam peperiksaan The Overseas School Certificate.